Специальности — Красноярский монтажный колледж

Версия для слабовидящих

• Сведения об образовательной организации
  • Основные сведения
  • Структура и органы управления образовательной организацией
  • Документы
  • Образование
  • Образовательные стандарты
  • Руководство. Педагогический (научно-педагогический) состав
  • Материально-техническое обеспечение и оснащенность образовательного процесса
  • Стипендии и иные виды материальной поддержки
  • Платные образовательные услуги
  • Финансово-хозяйственная деятельность
  • Вакантные места для приема (перевода) обучающихся
  • Доступная среда
  • Международное сотрудничество
• Дополнительное образование
  • Центр дополнительного профессионального образования
  • Центр по научно – технической работе и трудоустройству
• Контакты

Приёмная директора8 (391) 261-60-06

Форма обучения:

• очная (с полным возмещением затрат)
• заочная (с полным возмещением затрат)

Квалификация:

• специалист по земельно-имущественным отношениям

Подробнее

Форма обучения:

• очная

Квалификация:

• техник

Подробнее

Форма обучения:

• очная
• заочная (с полным возмещением затрат)

Квалификация:

• техник

Подробнее

Форма обучения:

• очная
• заочная (с полным возмещением затрат)

Квалификация:

• техник — механик

Подробнее

Форма обучения:

• очная

Квалификация:

• техник

Подробнее

Форма обучения: ­

• очная

Квалификация:

• техник-технолог

Подробнее

Форма обучения:

• очная
• заочная

Квалификация:

• техник — технолог

Подробнее

Форма обучения:

• очная

Квалификация:

• техник — электрик

Подробнее

Не опубликовано

МЫ ПОМОЖЕМ ТЕБЕ СДЕЛАТЬ ВЫБОР !!!

Специальности для поступления — скачать

Директор КГБПОУ

• «Красноярский монтажный колледж» Е.А.Воронин

Форма обучения: ­

• очная

Квалификации:

• монтажник систем вентиляции, кондиционирования воздуха, пневмотранспорта и аспирации;
• электрогазосварщик

Подробнее

Форма обучения:

• очная

Квалификации:

• слесарь-сантехник;
• электрогазосварщик

Подробнее

Форма обучения:

• очная

Квалификации:

• рабочий зеленого хозяйства; цветовод

Подробнее

Замена занятий — Красноярский монтажный колледж

Версия для слабовидящих

• Сведения об образовательной организации
  • Основные сведения
  • Структура и органы управления образовательной организацией
  • Документы
  • Образование
  • Образовательные стандарты
  • Руководство. Педагогический (научно-педагогический) состав
  • Материально-техническое обеспечение и оснащенность образовательного процесса
  • Стипендии и иные виды материальной поддержки
  • Платные образовательные услуги
  • Финансово-хозяйственная деятельность
  • Вакантные места для приема (перевода) обучающихся
  • Доступная среда
  • Международное сотрудничество
• Дополнительное образование
  • Центр дополнительного профессионального образования
  • Центр по научно – технической работе и трудоустройству
• Контакты

Приёмная директора8 (391) 261-60-06

ИЗМЕНЕНИЯ В РАСПИСАНИИ на  05 ноября 2022 года (СУББОТА)
Группа	Лента	Расписание			Лента	Замена
		Дисциплина	Преподаватель	ауд.		Дисциплина	Преподаватель	ауд.
Д92-21	1	МДК.04.01 Оценка недвижимого имущества	Васина Н.Ю.	310	4	Информационные технологии в ПД	Трубицина Н.Н.	407
Д92-21	2	МДК.02.01 Кадастры и кадастровая оценка земель	Латыпова В.А.	204	5	Безопасность жизнедеятельности	Хиревич Т.А.	421
Д92-21	3	МДК.01.03 Геодезическое соправождение разработки Н и ГМ	Латыпова В.А.	204	3	МДК.04.01 Оценка недвижимого имущества	Васина Н.Ю.	310
31-20	1	МДК.03.02 Реализация проектирования систем ВиВОВиКВ с использованием компьютерных технологий	Миранова К. М.	312	4	МДК.03.02 Реализация проектирования систем ВиВОВиКВ с использованием компьютерных технологий	Миранова К.М.	312
31-20	2	Иностранный язык	Иванова Н.Н.	415	5	Иностранный язык	Иванова Н.Н.	415
31-20	3	МДК.01.01 Монтаж систем водоснабжения и водоотведения, отопления, вентиляции и кондиционирования воздуха	Дряхлов О.В.	мас-тер-ская	6	МДК.01.01 Монтаж систем водоснабжения и водоотведения, отопления, вентиляции и кондиционирования воздуха	Больгин А.В.	124
71-22/3	1	Информатика	Зырянов Д.Е.	410	4	Родная литература	Барыбина Н. А.	120
71-22/4	1	Математика	Ковалева Е. А.	412	4	Математика	Ковалева Е.А.	412
71-22/4	2	Информатика	Зырянов Д.Е.	410	5	Иностранный язык	Иванова Н.Н./  Кожуховский А.В.	415/ 122
61-20	2	МДК.02.01 Эксплуатация нефтегазопромыслового оборудования	Дьяченко Е.В.	117	5	МДК.02.01 Эксплуатация нефтегазопромыслового оборудования	Дьяченко Е.В.	117
61-20	3	Компьютерно-инженерная графика	Зырянов Д.Е.	410	6	Метрология, стандартизация и сертификация	Бажова Е.В.	302
31-21	2	Материалы и изделия санитарно-технических устройств и систем обеспечения микроклимата	Дряхлов О. В.	мас-тер-ская	2	Материалы и изделия санитарно-технических устройств и систем обеспечения микроклимата	Бажова Е.В.	302
91-22/2	4	Математика	Ковалева Е.А.	412	1	Математика	Ковалева Е.А.	412

ИЗМЕНЕНИЯ В РАСПИСАНИИ на  07 ноября 2022 года (ПОНЕДЕЛЬНИК)
Группа	Лента	Расписание			Лента	Замена
		Дисциплина	Преподаватель	ауд.		Дисциплина	Преподаватель	ауд.
92-20	2	МДК.02.01 Кадастры и кадастровая оценка земель	Латыпова В.А.	204	2	Информационные технологии в ПД	Трубицина Н.Н.	407
92-20	3	МДК.02.01 Кадастры и кадастровая оценка земель	Латыпова В.А.	204	3	Информационные технологии в ПД	Трубицина Н.Н.	407
31-22	1	Русский язык	Деньгина О.В.	423	4	Русский язык	Деньгина О.В.	423
61-22/4	4	Русский язык	Деньгина О.В.	423	1	Русский язык	Деньгина О.В.	423
21-21	1	Математика	Кудашева Н.С.	413	4	Математика	Кудашева Н.С.	413
61-22/2	4	Математика	Кудашева Н. С.	413	1	Математика	Кудашева Н.С.	413
11-22	1	Математика	Машканцева М.Ю.	408	4	Математика	Машканцева М.Ю.	408
Д61-22/1	4	Математика	Машканцева М.Ю.	408	1	Математика	Машканцева М.Ю.	408
Д92-21	1	Иностранный язык	Аксенов Ю.А.	308	4	Иностранный язык	Аксенов Ю.А.	308
Д61-22/3	4	Иностранный язык	Аксенов Ю.А.	308	1	Иностранный язык	Аксенов Ю.А.	308
31-21	2	Материалы и изделия санитарно-технических устройств и систем обеспечения микроклимата	Дряхлов О. В.	мас-тер-ская	2	Материалы и изделия санитарно-технических устройств и систем обеспечения микроклимата	Бажова Е.В.	302
Д21-22Э	3	Материаловедение	Дряхлов О.В.	Чит. зал	3	Материаловедение	Бажова Е.В.	302
Д42-21	1	Компьютерная графика	Зырянов Д.Е.	410	1	МДК.02.01 Техническое обслуживание промышленного оборудования	Дворянская И.С.	313
61-21	2	Инженерная графика	Зырянов Д.Е.	410	2	История	Колохматов С.Г.	301а
62-20	3	Компьютерно-инженерная графика	Зырянов Д. Е.	410	3	Экологические основы природопользования	Чахова А.Н.	чит. зал
41-20	1	Метрология, стандартизация и сертификация	Дворянская И.С.	313	1	Информационные технологии в ПД	Трубицина Н.Н.	407
11-21	2	История	Колохматов С.Г.	301а	2	МДК.01.01 Технология сварочных работ	Баяндина О.В.	410
11-21	3	Материаловедение	Огаркова Н.В.	404	3	МДК.01.01 Технология сварочных работ	Баяндина О.В.	410
71-22/4	1	История	Кириллова А.А.	125	1	История	Пуртова Т. Д.	420
71-22/4	2	Физика	Цаплин П.В.	318	2	Физическая культура	Черная А.В.
71-22/4	3	Родная литература	Барыбина Н.А.	120	3	Практические основы ПД	Бабакова Н.Н.	314
71-22/1	2	История	Кириллова А.А.	125	2	Основы безопасности жизнедеятельности	Хиревич Т.А.	421
71/22/1	4	Физика	Цаплин П.В.	318	4	Информатика	Никитенко Ю.А.	409
61-22/2	2	Основы безопасности жизнедеятельности	Хиревич Т. А.	421	2	Русский язык	Барыбина Н.А.	120
61-22/2	3	История	Кириллова А.А.	125	3	Физика	Витищенко Л.И.	318
71-22/2	1	Физика	Цаплин П.В.	318	1	Информатика	Никитенко Ю.А.	409
71-22/2	3	Практические основы ПД	Бабакова Н.Н.	314	3	Информатика	Никитенко Ю.А.	409
71-22/3	3	Физика	Цаплин П.В.	318	3	Родная литература	Барыбина Н.А.	120
61-22/3	1	Информатика	Никитенко Ю. А.	409	1	Физика	Витищенко Л.И.	318
61-22/3	2	Русский язык	Барыбина Н.А.	120	2	Информатика	Никитенко Ю.А.	409
61-22/4	2	Информатика	Никитенко Ю.А.	409	2	Физика	Витищенко Л.И.	318
11-22	2	Физическая культура	Черная А.В.		2	Физика	Стекленева Е.Л.	320
92-22/1	3	Информатика	Никитенко Ю.А.	409	3	Физика	Стекленева Е.Л.	320

Секвенирование, сборка и функциональная аннотация генома Armillaria borealis de novo

1. Fisher MC, Henk DA, Briggs CJ, Brownstein JS, Madoff LC, McCra SL, Gurr SJ. Новые грибковые угрозы здоровью животных, растений и экосистем. Природа. 2012; 484:186–194. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

2. Coetzee M, Wingfield BD, Wingfield MJ. Возбудители корневых гнилей Armillaria: видовые границы и глобальное распространение. Возбудители. 2018;7(4):83. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

3. Baumgartner K, Coetzee MPA, Hoffmeister D. Секреты подземной патосистемы Armillaria . Мол Плант Патол. 2011;12(6):515–534. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

4. Просперо С., Холденридер О., Риглинг Д. Сравнение вирулентности Armillaria cepistipes и Armillaria ostoyae на четырех источниках ели европейской. Для Патол. 2004;34(1):1–14. [Google Scholar]

5. Маркайс Б., Бреда Н. Роль условно-патогенного микроорганизма в упадке деревьев дуба, подвергающихся стрессу. J Экол. 2006;94(6):1214–1223. [Google Scholar]

6. Моррисон Д.Дж., Пеллоу К.В. Различия в вирулентности среди изолятов Armillaria ostoyae . Для Патол. 2002;32(2):99–107. [Google Scholar]

7. Саху Н., Мереньи З., Балинт Б., Кисс Б., Сипос Г., Оуэнс Р., Надь Л.Г. Признаки базидиомицета мягкой и белой гнили в данных по гниению древесины Armillaria . препринт bioRxiv. 2020. 10.1101/2020.05.04.075879.

8. Легран П., Гахари С., Гийомен Дж.Дж. Появление генетов Armillaria spp. . в четырех горных лесах в Центральной Франции: стратегия колонизации Armillaria ostoyae . Новый Фитол. 1996;133(2):321–332. [PubMed] [Google Scholar]

9. Omdal DW, Shaw CG, III, Jacobi WR, Wager TC. Изменение патогенности и вирулентности изолятов Armillaria ostoyae на восьми видах деревьев. Завод Дис. 1995;79(9):939–944. [Google Scholar]

10. Бендель М., Кинаст Ф., Риглинг Д. Генетическая структура популяции трех особей Armillaria видов в ландшафтном масштабе: тематическое исследование швейцарских Pinus mugo лесов. Микол рез. 2006;110(6):705–712. [PubMed] [Google Scholar]

11. Кеча Н., Солхейм Х. Экология и распространение видов Armillaria в Норвегии. Для Патол. 2011;41(2):120–132. [Google Scholar]

12. Марксмюллер Х., Холденридер О. Границы микологии. Уоллингфорд, Оксон: CAB International; 1990. Armillaria mellea sl в Южной Баварии; стр. 9–32. [Google Scholar]

13. Павлов И.Н. Биотические и абиотические факторы как причины отмирания хвойных лесов Сибири и Дальнего Востока. контемп пробл экол. 2015;8(4):440–456. [Google Scholar]

14. Кроми М., Дракулич Дж., Бил Л., Вагхорн И., Перри Дж., Кловер Г.Р. Восприимчивость садовых деревьев и кустарников к Armillaria корневым гнилям. Завод Дис. 2020;104(2):483–492. [PubMed] [Google Scholar]

15. Drakulic J, Gorton C, Perez-Sierra A, Clover G, Beal L. Ассоциации между Armillaria видов и растений-хозяев в садах Великобритании. Завод Дис. 2017;101(11):1903–1909. [PubMed] [Google Scholar]

16. Абдель-Хамид А.М., Солбиати Д.О., Cann IKO. Взгляд на деградацию лигнина и его потенциальное промышленное применение. Adv Appl Microbiol. 2013; 82:1–28. [PubMed] [Google Scholar]

17. Hirsch CD, Springer NM. Мобильный элемент влияет на экспрессию генов у растений. Биохим Биофиз Акта. 2017;1860(1):157–165. [PubMed] [Google Scholar]

18. Росс-Дэвис А.Л., Стюард Дж.Е., Ханна Дж.В., Ким М.С., Кнаус Б.Дж., Кронн Р., Рай Х., Ричардсон Б.А., GI MD, Клопфенштайн Н.Б. Транскриптом Armillaria , возбудитель корневой болезни, выявляет гены-кандидаты, участвующие в утилизации субстрата-хозяина на границе раздела хозяин-патоген. Для Пути. 2013;43(6):468–477. [Google Scholar]

19. Sipos G, Prasanna AN, Walter MC, O’Connor E, Bálint B, Krizsán K, et al. Расширение генома и линейно-специфические генетические инновации у лесных патогенных грибов Armillaria . Нат Экол Эвол. 2017;1(12):1931–1941. [PubMed] [Google Scholar]

20. Meinhardt LW, Costa GGL, Thomazella DPT, Thomazella DP, Teixeira PJP, Carazzolle MF, et al. Анализ генома и секретома гемибиотрофного грибкового патогена, Moniliophthora rereri , вызывающая морозную гниль какао: механизмы биотрофной и некротрофной фаз. Геномика BMC. 2014;15(1):164. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

21. Mondego JMC, Carazzolle MF, Costa GG, Formighieri EF, Parizzi LP, Rincones J, Cotomacci C, Carraro DM, Cunha AF, Carrer H, Vidal RO, Estrela RC, Garcia O, Thomazella DPT, de Oliveira BV, ABL P, MCS R, MRR A, de Moraes MH, Castro LAB, Gramacho KP, Goncalves MS, Neto JPM, Neto AG, Barbosa LV, Guiltinan MJ, Bailey BA, Meinhardt LW, Cascardo JCM, Pereira GAG. Геномный обзор Moniliophthora perniciosa дает новое представление о болезни какао «ведьминой метлой». Геномика BMC. 2008;9(1):548. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

22. Олсон А., Аэртс А., Асиегбу Ф., Белбахри Л., Бузид О., Броберг А., Канбак Б., Коутиньо П.М., Каллен Д., Далман К., Дефлорио Г., ван Diepen LT, Dunand C, Duplessis S, Durling M, Gonthier P, Grimwood J, Fossdal CG, Hansson D, Henrissat B, Hietala A, Himmelstrand K, Hoffmeister D, Hogberg N, James TY, Karlsson M, Kohler A, Kues U , Lee YH, Lin YC и др. Взгляд на компромисс между гниением древесины и паразитизмом из генома грибкового лесного патогена. Новый Фитол. 2012;194(4):1001–1013. [PubMed] [Google Scholar]

23. Хейн Дж. К., Андерсон Дж. П., Уильямс А. Х., Спершнайдер Дж., Сингх К.Б. Секвенирование генома и сравнительная геномика патогена широкого круга хозяев Rhizoctonia solani AG8. Генетика PLoS. 2014;10(5):e1004281. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

24. Раффаэле С., Камун С. Эволюция генома нитевидных патогенов растений: почему больше может быть лучше. Nat Rev Microbiol. 2012;10(6):417–430. [PubMed] [Google Scholar]

25. Muszewska A, Steczkiewicz K, Stepniewska-Dziubinska M, Ginalski K. Мобильные элементы вносят вклад в гены грибов и влияют на их образ жизни. Научный отчет. 2019;9(1):4307. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

26. Moller M, Stukenbrock EH. Эволюция и архитектура генома грибов-патогенов растений. Nat Rev Microbiol. 2017; 15: 756–771. [PubMed] [Google Scholar]

27. Донг С., Раффаэле С., Камун С. Двухскоростные геномы нитчатых патогенов: вальс с растениями. Curr Opin Genet Dev. 2015;35:57–65. [PubMed] [Google Scholar]

28. Sperschneider J, et al. Полногеномный анализ трех патогенов Fusarium выявляет быстро эволюционирующие хромосомы и гены, связанные с патогенностью. Геном Биол Эвол. 2015;7:1613–1627. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

29. Faino L, Seidl MF, Shi-Kunne X, Pauper M, van den Berg GC, Wittenberg AH, Thomma BP. Транспозоны пассивно и активно участвуют в эволюции двухскоростного генома грибкового патогена. Геном Res. 2018;26(8):1091–1100. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

30. Ma L-J, et al. Сравнительная геномика выявляет мобильные хромосомы патогенности у Fusarium . Природа. 2010; 464:367–373. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

31. Yoshida K, Saunders DG, Mitsuoka C, Natsume S, Kosugi S, Saitoh H, et al. Хозяиновая специализация пирикуляриоза Magnaporthe oryzae связан с динамическим приобретением и потерей генов, связанных с мобильными элементами. Геномика BMC. 2016;17(1):370. [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar]

32. Симао Ф.А., Уотерхаус Р.М., Иоаннидис П., Кривенцева Е.В., Здобнов Е.М. BUSCO: оценка сборки генома и полноты аннотации с помощью однокопийных ортологов. Биоинформатика. 2015;31(19):3210–3212. [PubMed] [Google Scholar]

33. Trapnell C, Pachter L, Salzberg SL. TopHat: обнаружение соединений сплайсинга с помощью RNA-Seq. Биоинформатика. 2009 г.;25(9):1105–1111. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

34. Копылова Е., Ноэ Л., Тузет Х. SortMeRNA: быстрая и точная фильтрация рибосомных РНК в метатранскриптомных данных. Биоинформатика. 2012;28(24):3211–3217. [PubMed] [Google Scholar]

35. Talhinhas P, Tavares D, Ramos AP, Goncalves S, Loureiro J. Проверка стандартов, подходящих для оценки размера генома грибов. J Микробиологические методы. 2017; 142:76–78. [PubMed] [Google Scholar]

36. Моханта Т.К., Бэ Х. Разнообразие генома грибов. Биол Проведено онлайн. 2015;17:8. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

37. Collins C, Keane TM, Turner DJ, O’Keeffe G, Fitzpatrick DA, Doyle S. Геномное и протеомное вскрытие вездесущего патогена растений, Armillaria mellea : на пути к новой модели инфекции. J Протеом Res. 2013;12(6):2552–2570. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

38. Adejumo TO. Кокер М.Э., Огундеджи Дж.С., Адеджоро Д.О. Качественное определение лигноцеллюлозолитических ферментов восьми дереворазрушающих грибов. J Nat Sci Res. 2015;5(14):1–8. [Академия Google]

39. Кастанера Р., Боргоньоне А., Писабарро А.Г., Рамирес Л. Биология, динамика и применение подвижных элементов в грибах-базидиомицетах. Приложение Microbiol Biotechnol. 2017;101(4):1337–1350. [PubMed] [Google Scholar]

40. Devey ME, Bell JC, Smith DN, Neale DB, Moran GF. Карта генетического сцепления для Pinus radiata на основе RFLP, RAPD и микросателлитных маркеров. Теория Appl Genet. 1996;92(6):673–679. [PubMed] [Google Scholar]

41. Банкевич А., Нурк С., Антипов Д., Гуревич А., Дворкин М., Куликов А.С., Лесин В., Николенко С., Фам С., Пржибельский А., Пышкин А., Сироткин А., Вяхи Н., Теслер Г., Алексеев М.А., Певзнер П.А. SPAdes: новый алгоритм сборки генома и его приложения для секвенирования отдельных клеток. J Компьютерная биология. 2012;19(5): 455–477. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

42. Хофф К.Дж., Ланге С., Ломсадзе А., Бородовский М., Станке М. BRAKER1: неконтролируемая аннотация генома на основе секвенирования РНК с помощью GeneMark-ET и AUGUSTUS. Биоинформатика. 2015;32(5):767–769. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

43. Ломсадзе А., Бернс П.Д., Бородовский М. Интеграция картированных считываний последовательностей РНК в автоматическое обучение алгоритма поиска эукариотических генов. Нуклеиновые Кислоты Res. 2014;42(15):e119. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

44. Stanke M, Keller O, Gunduz I, Hayes A, Waack S, Morgenstern B. AUGUSTUS: ab initio предсказание альтернативных транскриптов. Нуклеиновые Кислоты Res. 2006; 34 (Приложение 2): W435–W439. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

45. Conesa A, Gotz S, Garcia-Gomez JM, Terol J, Talon M, Robles M. Blast2GO: универсальный инструмент для аннотирования, визуализации и анализа в функциональной геномике исследовательская работа. Биоинформатика. 2005;21(18):3674–3676. [PubMed] [Академия Google]

46. Quevillon E, Silventoinen V, Pillai S, Harte N, Mulder N, Apweiler R, Lopez R. InterProScan: идентификатор белковых доменов. Нуклеиновые Кислоты Res. 2005; 33 (Приложение 2): W116–W120. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

47. . Смит А., Хабли Р. RepeatModeler-1.0.11. Институт системной биологии. http://www.repeatmasker.org.

48. Абрусан Г. TEclass — инструмент для автоматизированной классификации неизвестных эукариотических мобильных элементов. Биоинформатика. 2009;25(10):1329–1330. [PubMed] [Академия Google]

PRIME PubMed | Секвенирование, сборка и функциональная аннотация генома Armillaria borealis de novo

Реферат

ИСТОРИЯ ВОПРОСА

Почти повсеместно наблюдается массовая убыль лесов в результате негативных антропогенных и климатических воздействий, которые могут взаимодействовать с вредителями, грибами и другими фитопатогенами и усугублять их эффекты. Климатические изменения могут ослабить деревья и сделать грибы, такие как Armillaria, более разрушительными. Armillaria borealis (Marxm. & Korhonen) — гриб из семейства Physalacriaceae (Basidiomycota), широко распространенный в Евразии, включая Сибирь и Дальний Восток. Виды этого рода вызывают корневую белую гниль, которая ослабляет и часто убивает древесные растения. Однако мало что известно об экологическом поведении и генетике A. Borealis. По данным полевых исследований, A. Borealis менее патогенна, чем A. ostoyae, и ее агрессивное поведение встречается довольно редко. В основном A. Borealis ведет себя как вторичный патоген, убивающий деревья, уже ослабленные другими факторами. Однако изменение окружающей среды может привести к непредсказуемым последствиям в поведении грибка.

РЕЗУЛЬТАТЫ

Сборка генома de novo и аннотация были выполнены для видов A. Borealis впервые и представлены в данном исследовании. Сборка генома A. borealis содержала ~ 68 Мб и была сопоставима с ~ 60 и ~ 79,5 Мб для геномов A. ostoyae и A. mellea соответственно. N50 для контигов равнялся 50 544 п.н. Функциональный анализ аннотаций выявил 21 969 генов, кодирующих белки, и предоставил данные для дальнейшего сравнительного анализа. Также были идентифицированы повторяющиеся последовательности. Основное внимание в дальнейшем изучении и сравнительном анализе будет уделено ферментам и регуляторным факторам, связанным с патогенностью.

ВЫВОДЫ

Патогенные грибы, такие как Armillaria, в настоящее время являются одной из основных проблем в области охраны лесов. Всестороннее изучение этих видов и их патогенности имеет большое значение и требует хороших геномных ресурсов. Собранный геном A. Borealis, представленный в этом исследовании, имеет достаточно хорошее качество для дальнейшего детального сравнительного изучения состава ферментов у других видов Armillaria. Существует также принципиальная проблема с идентификацией и классификацией видов рода Armillaria, где изучение повторяющихся последовательностей в геномах базидиомицетов и их сравнительный анализ помогут более точно выявить таксономию этих видов и выявить их эволюционные взаимоотношения.

Авторы+Показать

Акулова В.С.

Лаборатория лесной геномики Геномного научно-образовательного центра Института фундаментальной биологии и биотехнологии Сибирского федерального университета, 660036, Красноярск, Россия. Лаборатория геномных исследований и биотехнологии Федерального исследовательского центра «Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук», 660036, Красноярск, Россия.

Шаров В.В.

Лаборатория геномики леса, Геномный научно-образовательный центр, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Сибирский федеральный университет, 660036, Красноярск, Россия. Лаборатория геномных исследований и биотехнологии Федерального исследовательского центра «Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук», 660036, Красноярск, Россия. Кафедра высокопроизводительных вычислений, Институт космических и информационных технологий, Сибирский федеральный университет, 660074, Красноярск, Россия.

Аксенова А.И.

Лаборатория геномики леса, Геномный научно-образовательный центр, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Сибирский федеральный университет, 660036, Красноярск, Россия.

Путинцева Ю.А.

Лаборатория геномики леса, Геномный научно-образовательный центр, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Сибирский федеральный университет, 660036, Красноярск, Россия.

Орешкова Н.В.

Лаборатория геномики леса, Геномный научно-образовательный центр, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Сибирский федеральный университет, 660036, Красноярск, Россия. Лаборатория геномных исследований и биотехнологии Федерального исследовательского центра «Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук», 660036, Красноярск, Россия. Лаборатория лесной генетики и селекции, Институт леса им. В. Н. Сукачева СО РАН, 660036, Красноярск, Россия.

Феранчук С.И.

Лаборатория геномики леса, Геномный научно-образовательный центр, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Сибирский федеральный университет, 660036, Красноярск, Россия. Кафедра информатики, Национальный исследовательский технический университет, 664074, Иркутск, Россия. Лимнологический институт СО РАН, 664033, Иркутск, Россия.

Кузьмин Д.А.

Лаборатория геномики леса, Геномный научно-образовательный центр, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Сибирский федеральный университет, 660036, Красноярск, Россия. Кафедра высокопроизводительных вычислений, Институт космических и информационных технологий, Сибирский федеральный университет, 660074, Красноярск, Россия.

Павлов И.Н.

Лаборатория геномики леса, Геномный научно-образовательный центр, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Сибирский федеральный университет, 660036, Красноярск, Россия. Лаборатория лесовосстановления, микологии и патологии растений, Институт леса им. В. Н. Сукачева СО РАН, 660036, Красноярск, Россия. Кафедра химической технологии древесины и биотехнологии, Сибирский государственный научно-технический университет имени Решетнева, Красноярск, 660049, Россия.

Литовка Ю.А.

Лаборатория лесовосстановления, микологии и патологии растений, Институт леса им. В. Н. Сукачева СО РАН, 660036, Красноярск, Россия. Кафедра химической технологии древесины и биотехнологии, Сибирский государственный научно-технический университет им. Решетнева, Красноярск, 660049, Россия.

Крутовский К.В.

Лаборатория геномики леса, Геномный научно-образовательный центр, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Сибирский федеральный университет, 660036, Красноярск, Россия. [email protected]. Кафедра лесной генетики и селекции лесных деревьев, Геттингенский университет Георга-Августа, 37077, Геттинген, Германия. [email protected]. Центр комплексных исследований в области селекции, Геттингенский университет им. Георга-Августа, 37075, Геттинген, Германия. [email protected]. Лаборатория популяционной генетики, Институт общей генетики им. Н. И. Вавилова РАН, 119333, Москва, Россия. [email protected]. Департамент науки об экосистемах и управления ими, Техасский университет A&M, Колледж-Стейшн, Техас, 77843-2138, США. [email protected].

Mesh

Armillariabasidiomycotaplantssiberia

Тип паба (S)

Журнал Статья

Язык

ENG

PubMed ID

32912116163

. «Секвенирование, сборка и функциональная аннотация генома Armillaria Borealis De Novo».

BMC Genomics, vol. 21, нет. Приложение 7, 2020, с. 534.

Акулова В.С., Шаров В.В., Аксенова А.И., и соавт. Секвенирование de novo, сборка и функциональная аннотация генома Armillaria borealis. BMC Genomics . 2020;21(Приложение 7):534.

Акулова В.С., Шаров В.В., Аксенова А. И., Путинцева Ю.А., Орешкова Н.В., Феранчук С.И., Кузьмин Д.А., Павлов И.Н., Литовка Ю.А., Крутовский К.В. (2020). Секвенирование de novo, сборка и функциональная аннотация генома Armillaria borealis. BMC Genomics , 21 (Приложение 7), 534. https://doi.org/10.1186/s12864-020-06964-6

Акулова В.С. Секвенирование De Novo, сборка и функциональная аннотация генома Armillaria Borealis. BMC Genomics. 2020 10 сентября; 21 (Приложение 7): 534. PubMed PMID: 32912216.

* Названия статей в формате цитирования AMA должны быть в регистре предложений

MLAAMAAPAVANCOUVER

TY — JOUR
T1 — Секвенирование, сборка и функциональная аннотация генома Armillaria borealis de novo.
AU — Акулова,Василина С,
AU — Шаров,Вадим В,
AU — Аксенова, Анастасия I,
AU — Путинцева Юлия А,
AU — Орешкова, Наталья В,
AU — Феранчук,Сергей I,
AU — Кузьмин,Дмитрий А,
AU — Павлов,Игорь Н,
AU — Литовка, Юлия А,
AU — Крутовский,Константин В,
Y1 — 2020/09/10/
ПГ — 21. 07.2020/получено
PY — 29.07.2020/принято
PY — 2020/9/11/антрез
PY — 12.09.2020/опубликовано
PY — 15.05.2021/medline
кВт — Аннотация
KW — Армиллярия
KW — секвенирование de novo
KW — Грибной лесной возбудитель
KW — Геном
СП — 534
ЭП-534
JF — Геномика BMC
JO — BMC Genomics
ВЛ — 21
ИС — Приложение 7
N2 — ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ: Практически повсеместно наблюдается массовая убыль лесов в результате негативных антропогенных и климатических воздействий, которые могут взаимодействовать с вредителями, грибами и другими фитопатогенами и усугублять их воздействие. Климатические изменения могут ослабить деревья и сделать грибы, такие как Armillaria, более разрушительными. Armillaria borealis (Marxm. & Korhonen) — гриб из семейства Physalacriaceae (Basidiomycota), широко распространенный в Евразии, включая Сибирь и Дальний Восток. Виды этого рода вызывают корневую белую гниль, которая ослабляет и часто убивает древесные растения. Однако мало что известно об экологическом поведении и генетике A. Borealis. По данным полевых исследований, A. Borealis менее патогенна, чем A. ostoyae, и ее агрессивное поведение встречается довольно редко. В основном A. Borealis ведет себя как вторичный патоген, убивающий деревья, уже ослабленные другими факторами. Однако изменение окружающей среды может привести к непредсказуемым последствиям в поведении грибка. РЕЗУЛЬТАТЫ: Сборка генома de novo и аннотация были выполнены для видов A. Borealis впервые и представлены в этом исследовании. Сборка генома A. Borealis содержала ~ 68 млн п.н. и была сопоставима с ~ 60 и ~ 79 млн п.н.0,5 млн п.н. для геномов A. ostoyae и A. mellea соответственно. N50 для контигов равнялся 50 544 п.н. Функциональный анализ аннотаций выявил 21 969 генов, кодирующих белки, и предоставил данные для дальнейшего сравнительного анализа. Также были идентифицированы повторяющиеся последовательности. Основное внимание в дальнейшем изучении и сравнительном анализе будет уделено ферментам и регуляторным факторам, связанным с патогенностью. ВЫВОДЫ: Болезнетворные грибы, такие как Armillaria, в настоящее время являются одной из основных проблем охраны лесов.