Содержание
Работа в Красноярске для промоутеров
премиумМенеджер по работе с корпоративными клиентами от 70 000 ₽
Образование высшее. Опыт работ в сфере продаж юридическим лицам. Грамотная устная и письменная речь. Знание этапов продаж, уверенность при общении…Развитием действующих корпоративных клиентов — продажи основных и дополнительных услуг связи, сохранение и увеличение выручки от базы закрепленных за сотрудником клиентов.
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
премиумАдминистратор установочного центра в Красноярске от 50 000 ₽
Знания в сфере автозвука, автосигнализаций и дополнительного оборудования для автомобилей желательны. Позитивность, энергичность, самостоятельность. Коммуникабельность, умение установить контакт с любым…Консультировать покупателей по техническим характеристикам продукции, дополнительным услугам, установочным работам, действующим рекламным акциям, рекомендовать им наилучшие решения. Внимательно относиться к…
e 28.10.2022i Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер вводных уроков в школу Skyeng (удаленно) от 40 000 ₽
Опыт работы в продажах от 2 лет. Желание учиться и развиваться внутри компании.Проводит ознакомительные видеоуроки на платформе VimBox для потенциальных учеников школы.
e сегодняk Отправить резюмеa В избранноеbc
Сотрудник банка «Тинькофф» 25 000 — 120 000 ₽
Можно без опыта. Главное — коммуникабельность, активность и желание работать, остальному научим. Начните свою карьеру в крупной и современной компании.
e сегодняk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер по продажам в интернет-магазин от 30 000 ₽
Любовь к продажам, здоровый азарт. -Внимательность, чрезвычайная точность, тщательность. -Любовь к людям и желание помогать. -Знание Excel, Word, опыт работы. ..Обрабатывать заказы, оформленные на сайте. -Консультации и продажи в онлайн-чате. -Работа с контентом, заведение карточки товара, работа с фоторедакторами. —
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Клиентский менеджер (Сбербанк) до 110 000 ₽
Специалист со средним полным, средним профессиональным, неполным высшим или высшим образованием. Хочешь развивать навыки переговоров. Готов к высокому темпу работы.У каждого нашего зарплатного клиента – компаний партнеров — есть свой эксперт по финансовым вопросам. Он приезжает в офисы партнеров банка несколько…
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Клиентский менеджер прямых продаж (Сбeр) договорная оплата
Специалист со средним полным, средним профессиональным, неполным высшим или высшим образованием. Хочешь стать экспертом в банковской сфере. Готов к работе…Выезжать к клиентам на индивидуальные консультации. Проводить презентации сервисов Сбера на территории компаний-партнеров. Предлагать сервисы Сбера и помогать с…
e сегодняk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер 40 000 — 110 000 ₽
грамотный, энергичный, амбициозный, развивающийся. — любящий продажи и все что с ними связано.разделяющий клиентоориентированный подход в продажах. Только горячие заявки, искать клиентов не нужно!
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер отдела продаж от 40 000 ₽
Грамотный, энергичный, амбициозный, развивающийся. Любящий продажи и все что с ними связано. Разделяющий клиентоориентированный подход в продажах. Стремящийся зарабатывать.Прием входящих звонков. Консультация клиентов по телефону и в офисе. Продажа продукта. Подготовка и оформление пакета документов. Ведение своих клиентов.
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер по работе с клиентами от 40 000 ₽
Пиши и звони Telegram/WhatsApp/Viber!Менеджер по работе с клиентами (работа в офисе). Обязанности: Исходящие звонки по готовой базе клиентов и готовому речевому модулю, оформление…
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Специалист по оценке и выкупу автомобилей от 60 000 ₽
Приветствуются навыки продаж, умение находить подход к клиенту. Желательно базовое знание технического устройства автомобилей. Рассматриваем кандидатов без опыта работы в…Проведение визуального осмотра автомобиля на территории дилерского центра или на выезде для определения рыночной стоимости автомобиля. Ведение телефонных переговоров с…
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер по продажам от 44 000 ₽
Прилагать усилия для того, чтобы учиться продавать и развивать свою экспертность. Настойчиво идти к поставленным целям и добиваться результата. Звонить клиентам по готовой базе, поиском заниматься не нужно. Выполнять индивидуальные планы по продажам. Заключать сделки и радоваться, что у…
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер по продажам 25 000 — 30 000 ₽
Коммуникабельность. Четкая и грамотная речь. Умение договариваться, убеждать и заряжать энтузиазмом. Желание развиваться и зарабатывать. Уверенность в себе и нацеленность…Активные продажи услуг. Консультирование клиента по продукту и акциям. Помощь в подборе услуги. Планирование и отчетность.
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер по продажам (удаленно) 27 000 — 60 000 ₽
Уверенный пользователей ПК. Высокая активность. Грамотность. Желание развиваться, готовность обучаться. Позитивное отношение к жизни. Нацеленность на результат. Высокий уровень самоорганизации.Телефонные продажи по «теплой» клиентской базе. Выставление счетов, контроль оплаты. Ведение регулярной отчетности по клиентам в базе CRM.
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер в отдел продаж 30 000 — 70 000 ₽
1. Положительный опыт ведения переговоров. 2. Смелость и готовность к отказам (даже через год работы). 3. Самостоятельность. 4. Телефонные продажи по тёплой» клиентской базе. Выставление счетов, контроль оплаты. Ведение регулярной отчетности по клиентам в базе CRM.
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер по работе с клиентами 35 000 — 70 000 ₽
Грамотная устная и письменная речь. Хорошие знания ПК, MS Excel, Word, 1С. Желание зарабатывать. Образование не ниже среднего специального. Консультирование клиентов по ассортименту продукции, увеличение объемов продаж, работа в торговом зале, ценовой мониторинг. Подготовка коммерческих предложений. Подготовка и согласование…
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Специалист отдела телемаркетинга 35 000 — 60 000 ₽
Стремление стать экспертами в своей работе и к получению нового опыта и знаний. Грамотная речь. Нацеленность на результат.Принимать входящие и совершать исходящие звонки. Консультировать клиентов по продуктам и услугам банка. Помогать в возникающих вопросах. Подбор, презентация и…
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер по продажам 35 000 — 70 000 ₽
Опыт приветствуется. Образование от средне-специального. Нацеленность на результат.Работа с текущими клиентами компании (входящие звонки, заявки, запросы с сайта) (Готовая клиентская база). Работа в программе 1С, контроль…
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер отдела продаж 50 000 — 80 000 ₽
Навыки активных продаж. Навыки ведения переговоров с руководителями и техническими специалистами. Уверенный пользователь ПК, знание 1 С. Грамотная речь и…Работа с текущей базой покупателей, поиск новых. Ведение документооборота по сделкам. Ведение отчетности. Выполнение плана продаж.
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Специалист по заполнению кредитных заявок 35 000 — 60 000 ₽
Образование средне/специальное, высшее. Желательно с опытом активных продаж, если нет, то всему научим. Навыки грамотного общения. Нацеленность на результат.Также рассматриваем кандидатов без опыта работы, готовы учить, развивать и растить наших сотрудников. Если Вы хотите развиваться вместе с Совкомбанком…
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Торговый представитель (менеджер по продажам) смазочных материалов от 50 000 ₽
Желателен опыт продаж торговым представителем в сфере смазочных материалов, НО не обязателен. Грамотная речь, активный, целеустремленный, умение и желание убеждать. Активный поиск новых клиентов — потребителей смазочных материалов. Работа и поддержание партнерских отношений с существующими клиентами. Назначение встреч/проведение переговоров с…
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Удалённый менеджер по работе с клиентами от 20 000 ₽
Гарнитура ( Наушники, микрофон, либо 2в1). Что нужно знать и уметь: — грамотная речь. — коммуникабельность. — позитивный настрой. — желание работать и…Что необходимо для работы:
e сегодняk Отправить резюмеa В избранноеbc
Агент прямых продаж от 20 000 ₽
Общение с клиентами. Презентация услуг компании (интернет и интерактивное ТВ), новых акций и тарифов. Оформление заявок на подключение.
e сегодняi Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
Менеджер (удаленно) до 50 000 ₽
Высокоскоростной и устойчивый интернет.Привлечение новых клиентов (холодные продажи по целевой базе). Помощь клиентам в освоении новых продуктов и инструментов. Выполнение плана продаж.
e 29.10.2022k Отправить резюмеa В избранноеbc
Клиентский менеджер Сбербанк до 110 000 ₽
Специалист со средним полным, средним профессиональным, неполным высшим или высшим образованием. Хочешь развивать навыки переговоров. Готов к высокому темпу работы.У каждого нашего зарплатного клиента – компаний партнеров — есть свой эксперт по финансовым вопросам. Он приезжает в офисы партнеров банка несколько…
e 29.10.2022i Красноярскk Отправить резюмеa В избранноеbc
%Подписаться на вакансииСкачай приложение Android. Быстрая подгрузка вакансий!
Промоутер в Красноярске — свежие вакансии. Срочно!
Найдено 26 вакансий
от 60 000
Прямой работодатель
Красноярск
В компанию срочно требуются сотрудники.
Условия:
— Оформление по ТК РФ
— Официальная заработная плата
— Возможность профессионального роста
— График работы: пятидневка, суббота и воскресенье. ..
Сегодня с joobis.ru
Подробнее…
от 90 000
Прямой работодатель
Самый успешный и проверенный временем метод по заработку денег через интернет. Вы сможете зарабатывать от 3000₽ в день, начиная с сегодняшнего дня! Зарегистрируйтесь сегодня и…
Сегодня с joobis.ru
Подробнее…
от 25 000
Интерстомрус
Красноярск
Обязанности: Распространение листовок по почтовым ящикам в любом районе города. Требования: Желание работать и зарабатывать, Добросовестность, ответственность и честность, активная работо…
Сегодня с hh.ru
Подробнее…
от 70 000
Прямой работодатель
Подрабатывайте в свободное время через интернет, получая от 70000₽ в месяц! Самый успешный и проверенный временем метод по…
Сегодня с joobis.ru
Подробнее…
по договоренности
Колибри деньги
Красноярск
Мы ищем высоко коммуникабельных , с активной жизненной позицией!:)Мы предлагаем: заработная плата 150 руб/час + % с продаж по купонам отданным на презентациях; время работы с 11:00 до 15:00. ..
Вчера с hh.ru
Подробнее…
от 40 000
Восхождение
Красноярск
Обязанности: Продажа электротехнической продукции Выкладка товара по стандартам компании Консультирование покупателей по товару компании Выполнение плана продаж Привлечение внимания потенци…
3 дня назад с hh.ru
Подробнее…
от 120 000
Прямой работодатель
Требуется менеджер на удалённую работу. От нас: свободный график; официальный доход; бесплатное обучение. От вас: желание зарабатывать; наличие телефона и интернета…
Сегодня с joobis.ru
Подробнее…
25 000 — 50 000
Ninja Pizza (ИП Малышев М. В.)
Красноярск
Ищем в свою команду Промоутеров на раздачу листовок. Рассмотрим в том числе школьников старших классов и студентов, которые хотят и готовы заработать свои первые деньги прямо сейчас! Мы пред…
11 дней назад с hh.ru
Подробнее…
20 000 — 35 000
Ninja Pizza (ИП Малышев М. В. )
Красноярск
Ищем в свою команду Промоутеров на раздачу листовок. ПРОЕКТ СТАРТУЕТ В ОКТЯБРЕ 2022 г. Рассмотрим в том числе школьников старших классов и студентов, которые хотят и готовы заработать свои п…
11 дней назад с hh.ru
Подробнее…
от 85 000
Прямой работодатель
Подрабатывайте в свободное время зарабатывая до 85000₽ в месяц! От нас: свободный график; официальный доход; бесплатное обучение…
Сегодня с joobis.ru
Подробнее…
от 90 000
Прямой работодатель
Работай из дома в комфорте и не трать деньги на дорогу! Опыт работы не требуется, мы всему научим! От кандидата нужно только желание стать частью команды и перенять наши…
Сегодня с joobis.ru
Подробнее…
Далее
Полногеномное предсказание сайтов начала транскрипции у хвойных
. 2022 3 февраля; 23 (3): 1735.
дои: 10.3390/ijms23031735.
Евгения I Бондарь
1
2
, Трухан Максим Е.
3
, Константин В Крутовский
1
4
5
6
7
8
, Татьяна В Татаринова
8
9
10
11
Принадлежности
- 1 Лаборатория геномики леса, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Сибирский федеральный университет, 660036 Красноярск, Россия.
- 2 Лаборатория геномных исследований и биотехнологии Федерального исследовательского центра «Красноярский научный центр» Сибирского отделения Российской академии наук, 660036 Красноярск, Россия.
- 3 Persephone Software LLC, Агура Хиллз, Калифорния 91301, США.
- 4 Кафедра лесной генетики и селекции лесных деревьев Геттингенского университета Георга-Августа, 37077 Геттинген, Германия.
- 5 Центр комплексных исследований в области селекции, Геттингенский университет Георга-Августа, 37075 Геттинген, Германия.
- 6 Лаборатория популяционной генетики, Институт общей генетики им. Н. И. Вавилова РАН, 119333 Москва, Россия.
- 7 Научно-методический центр, Воронежский государственный лесотехнический университет им. Г. Ф. Морозова, 394087 Воронеж, Россия.
- 8 Кафедра геномики и биоинформатики, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Сибирский федеральный университет, 660074 Красноярск, Россия.
- 9 Факультет биологии Университета Ла-Верн, Ла-Верн, Калифорния 91750 г., США.
- 10 Группа функциональной геномики, Институт общей генетики им. Н. И. Вавилова РАН, 119333 Москва, Россия.
- 11 Институт проблем передачи информации им. А. А. Харкевича РАН, 127051 Москва, Россия.
PMID:
35163661
PMCID:
PMC8836283
DOI:
10.3390/ijms23031735
Бесплатная статья ЧВК
Евгения I Бондарь и др.
Int J Mol Sci.
.
Бесплатная статья ЧВК
. 2022 3 февраля; 23 (3): 1735.
дои: 10.3390/ijms23031735.
Авторы
Евгения I Бондарь
1
2
, Трухан Максим Е.
3
, Константин В Крутовский
1
4
5
6
7
8
, Татьяна В Татаринова
8
9
10
11
Принадлежности
- 1 Лаборатория геномики леса, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Сибирский федеральный университет, 660036 Красноярск, Россия.
- 2 Лаборатория геномных исследований и биотехнологии Федерального исследовательского центра «Красноярский научный центр» Сибирского отделения Российской академии наук, 660036 Красноярск, Россия.
- 3 Persephone Software LLC, Агура Хиллз, Калифорния 91301, США.
- 4 Кафедра лесной генетики и селекции лесных деревьев Геттингенского университета Георга-Августа, 37077 Геттинген, Германия.
- 5 Центр комплексных исследований в области селекции, Геттингенский университет Георга-Августа, 37075 Геттинген, Германия.
- 6 Лаборатория популяционной генетики, Институт общей генетики им.
Н. И. Вавилова РАН, 119333 Москва, Россия.
- 7 Научно-методический центр, Воронежский государственный лесотехнический университет им. Г. Ф. Морозова, 394087 Воронеж, Россия.
- 8 Кафедра геномики и биоинформатики, Институт фундаментальной биологии и биотехнологии, Сибирский федеральный университет, 660074 Красноярск, Россия.
- 9 Факультет биологии Университета Ла-Верн, Ла-Верн, Калифорния 91750 г., США.
- 10 Группа функциональной геномики, Институт общей генетики им. Н. И. Вавилова РАН, 119333 Москва, Россия.
- 11 Институт проблем передачи информации им. А. А. Харкевича РАН, 127051 Москва, Россия.
PMID:
35163661
PMCID:
PMC8836283
DOI:
10.3390/ijms23031735
Абстрактный
Идентификация промоторов является важным шагом в процессе аннотации генома, обеспечивая основу для регуляторных сетей генов и их роли в регуляции транскрипции. Несмотря на значительные успехи в высокопроизводительном определении сайтов начала транскрипции (TSS) и сайтов связывания факторов транскрипции (TFBS), экспериментальные методы по-прежнему трудоемки и дороги. Вместо этого было разработано несколько вычислительных подходов, чтобы обеспечить быстрые и надежные средства для прогнозирования местоположения TSS и регуляторных мотивов в масштабе всего генома. Были проведены многочисленные исследования регуляторных элементов геномов млекопитающих, но промоторы растений, особенно голосеменных, остались вне поля зрения и, следовательно, плохо изучены. Цель этого исследования заключалась в улучшении и расширении существующих аннотаций генома с использованием вычислительных подходов для полногеномного предсказания TSS у четырех видов хвойных: сосны обыкновенной, ели белой, ели европейской и лиственницы сибирской. Наш конвейер будет полезен для прогнозов TSS в других геномах, особенно для предварительных сборок, где надежные прогнозы TSS обычно недоступны. Мы также исследовали некоторые особенности нуклеотидного состава предсказанных промоторов и сравнили GC-свойства генов хвойных с модельными однодольными и двудольными растениями. Здесь мы демонстрируем, что даже неполные сборки генома и частичные аннотации могут быть надежной отправной точкой для аннотации TSS. Результаты предсказания TSS у четырех видов хвойных были сохранены в браузере генома Persephone, который обеспечивает плавную визуализацию и оптимизирован для больших наборов данных.
Эта работа обеспечивает начальную основу для будущей экспериментальной проверки и изучения регуляторных областей для понимания регуляции генов у голосеменных растений.
Ключевые слова:
ТАТА-бокс; хвойное дерево; голосеменные растения; предсказание промоутера; сайт связывания фактора транскрипции; сайт начала транскрипции.
Заявление о конфликте интересов
Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов. Спонсоры не участвовали в разработке исследования; при сборе, анализе или интерпретации данных; в написании рукописи или в решении опубликовать результаты.
Цифры
Рисунок 1
Частота мотива TATA(A/T)A(A/T)…
Рисунок 1
Частота мотива TATA(A/T)A(A/T) в TSS-центрированной области промотора.
фигура 1
Частота мотива TATA(A/T)A(A/T) в TSS-центрированной области промотора.
Рисунок 2
Распределение свободной энергии ДНК…
Рисунок 2
Распределение свободной энергии ДНК вокруг положения TSS, предсказанное TSSPlant.
фигура 2
Распределение свободной энергии ДНК вокруг положения TSS, предсказанное TSSPlant.
Рисунок 3
Позиционное распределение фактора транскрипции…
Рисунок 3
Позиционное распределение сайтов связывания факторов транскрипции (TFBS) у Larix sibirica , Picea…
Рисунок 3
Позиционное распределение сайтов связывания факторов транскрипции (TFBS) у Larix sibirica , Picea abies , Picea glauca и Pinus taeda на основе ШИМ-сканирования с использованием TRANSFAC. ( a ) Факторы, связанные с AP2/EREBP; ( b ) Гомеодомен; ( c ) Факторы транскрипции теплового шока; ( d ) Факторы транскрипции Myb.
Рисунок 4
Ортологичные гены FLORICAULA/LEAFY-подобных белков…
Рисунок 4
Ортологичные гены FLORICAULA/LEAFY-подобных белков у L. sibirica , P. taeda , P.…
Рисунок 4
Ортологичные гены FLORICAULA/LEAFY-подобных белков в L. sibirica , P. taeda , P. abies и P. glauca с соответствующими предсказанными позициями TSS (обозначены вертикально ориентированными метками) в их восходящие области выравниваются с помощью браузера генома Persephone. Красные, желтые, зеленые и синие прямоугольники представляют собой экзоны. Голубые лентовидные соединители указывают на идентичные области, синие линии отмечают замены нуклеотидов, а красные линии указывают на вставки. Визуализация доступна по адресу https://web.persephonesoft.com/?bookmark=43C6DEFD15C23F5F40A8AFF25F844042 (по состоянию на 31 января 2022 г.).
Рисунок 5
Ортологичные гены WLIM2a в…
Рисунок 5
Ортологичные гены WLIM2a у L. sibirica , P. abies и P.…
Рисунок 5
Ортологичные гены WLIM2a у L. sibirica , P. abies и P. glauca с соответствующими предсказанными положениями TSS (обозначенными вертикально ориентированными метками) в их восходящих областях. Красные, зеленые и синие прямоугольники представляют экзоны. Голубые лентовидные соединители указывают на идентичные области, синие линии отмечают замены нуклеотидов, а красные линии указывают на вставки. Визуализация доступна по адресу https://web.persephonesoft.com/?bookmark=4239E3155493E8E21C61A9932BD502EE (по состоянию на 31 января 2022 г.).
Рисунок 6
Немного статистики сборщика мусора для четырех…
Рисунок 6
Некоторые статистические данные GC для четырех видов хвойных, Larix sibirica, Picea abies, Picea glauca,…
Рисунок 6
Некоторые статистические данные GC для четырех видов хвойных, Larix sibirica, Picea abies, Picea glauca, Pinus taeda и двух модельных видов растений, Arabidopsis thaliana и Oryza sativa : ( A ) GC 3 Градиент кодирующих последовательностей, ( B ) GC 3 Gradient Slope, (44) GC 3 Gradient Slope, (43444). ( d ) CG-перекос вокруг TSS.
Рисунок 7
Разница в последовательности кодирования…
Рисунок 7
Разница в длине кодирующей последовательности между GC 3 -плохая и GC 3…
Рисунок 7
Разница в длине кодирующей последовательности между GC 3 -бедными и GC 3 -богатыми генами; Квантиль 10% и 90% использовали для разделения генов на классы GC 3 -бедных и GC 3 -богатых (синий и красный соответственно).
Рисунок 8
Распределение номера экзона…
Рисунок 8
Распределение числа экзонов на ген в GC 3 -бедный и GC…
Рисунок 8
Распределение числа экзонов на ген в GC 3 -бедных и GC 3 -богатых генов в L. sibirica , P. abies, P. glauca и P. таэда . Количество генов в категориях GC3-бедных и GC3-богатых было одинаковым в каждом организме.
См. это изображение и информацию об авторских правах в PMC
Похожие статьи
GPMiner: интегрированная система для добычи комбинаторных цис-регуляторных элементов в группе генов млекопитающих.
Lee TY, Chang WC, Hsu JB, Chang TH, Shien DM.
Ли Т.И. и др.
Геномика BMC. 2012;13 Дополнение 1(Приложение 1):S3. дои: 10.1186/1471-2164-13-S1-S3. Epub 2012 17 января.
Геномика BMC. 2012.PMID: 22369687
Бесплатная статья ЧВК.Анализ парных концов сайтов начала транскрипции у Arabidopsis выявляет сигнатуры промоторов, специфичных для растений.
Мортон Т.
, Петрика Дж., Коркоран Д.Л., Ли С., Винтер К.М., Карда А., Бенфи П.Н., Олер У., Мегроу М.
Мортон Т. и др.
Растительная клетка. 2014 июль; 26 (7): 2746-60. doi: 10.1105/tpc.114.125617. Epub 2014 17 июля.
Растительная клетка. 2014.PMID: 25035402
Бесплатная статья ЧВК.Полногеномный компьютерный прогноз и анализ основных промоторных элементов однодольных и двудольных растений.
Кумари С., Уэр Д.
Кумари С. и др.
ПЛОС Один. 2013 29 октября; 8 (10): e79011. doi: 10.1371/journal.pone.0079011. Электронная коллекция 2013.
ПЛОС Один. 2013.PMID: 24205361
Бесплатная статья ЧВК.Полногеномное картирование сайтов начала транскрипции Bradyrhizobium japonicum, выращенных в свободном виде или в симбиозе, — богатый ресурс для идентификации новых транскриптов, белков и изучения регуляции генов.
Чуклина Ю., Хан Ю., Имакаев М., Омасиц Ю., Фёрстнер К.Ю., Любимов Н., Гебель М., Песси Г., Фишер Х.М., Аренс Ч., Гельфанд М. С., Евгеньева-Хакенберг Е.
Чуклина Дж. и соавт.
Геномика BMC. 2016 23 апр; 17:302. doi: 10.1186/s12864-016-2602-9.
Геномика BMC. 2016.PMID: 27107716
Бесплатная статья ЧВК.Вычислительная аннотация сайтов начала транскрипции микроРНК.
Ван С., Талукдер А., Ча М., Ли С., Ху Х.
Ван С. и др.
Кратко Биоинформ. 2021 18 января; 22 (1): 380-392. doi: 10.1093/bib/bbz178.
Кратко Биоинформ. 2021.PMID: 32003428
Бесплатная статья ЧВК.Обзор.
Посмотреть все похожие статьи
Цитируется
База данных потенциальных промоторных последовательностей в геноме Capsicum annuum .
Руденко В., Коротков Е.
Руденко В, и др.
Биология (Базель). 2022 26 июля; 11 (8): 1117. дои: 10.3390/биология11081117.
Биология (Базель). 2022.PMID: 35892972
Бесплатная статья ЧВК.Биология растений и биотехнология: акцент на геномике и биоинформатике.
Орлов Ю.Л., Иванисенко В.А., Добровольская О.Б., Чен М.
Орлов Ю.Л. и соавт.
Int J Mol Sci. 2022 17 июня; 23 (12): 6759. дои: 10.3390/ijms23126759.
Int J Mol Sci. 2022.PMID: 35743200
Бесплатная статья ЧВК.
использованная литература
Татаринова Т., Крищенко А., Триска М., Хассан М., Мерфи Д., Нили М., Шумицкий А. NPEST: непараметрический метод и база данных для предсказания сайта начала транскрипции. Квант. биол. 2013; 1: 261–271.
doi: 10.1007/s40484-013-0022-2.
—
DOI
—
ЧВК
—
пабмед
Рейес А., Хубер В. Альтернативные сайты начала и окончания транскрипции определяют большинство различий изоформ транскриптов в тканях человека. Нуклеиновые Кислоты Res. 2018; 46: 582–592. дои: 10.1093/нар/gkx1165.
—
DOI
—
ЧВК
—
пабмед
Ювен-Гершон Т.
, Кадонага Дж.Т. Регуляция экспрессии генов с помощью основного промотора и основного механизма транскрипции. Дев. биол. 2010; 339: 225–229. doi: 10.1016/j.ydbio.2009.08.009.
—
DOI
—
ЧВК
—
пабмед
Александров Н.Н., Трухан М.Е., Бровер В.В., Татаринова Т., Флавелл Р.Б., Фельдманн К.А. Особенности генов и генома арабидопсиса, обнаруженные с использованием полноразмерных кДНК. Завод Мол. биол. 2006; 60: 69–85. doi: 10.1007/s11103-005-2564-9.
—
DOI
—
пабмед
Александров Н.Н., Бровер В.В., Фрейдин С., Трухан М.Е., Татаринова Т.В., Чжан Х., Сваллер Т.Дж., Лу Ю.-П., Бук Дж., Флавелл Р.Б. и др. Информация о генах кукурузы, полученная в результате крупномасштабного секвенирования кДНК. Завод Мол. биол. 2009; 69: 179–194. doi: 10.1007/s11103-008-9415-4.
—
DOI
—
ЧВК
—
пабмед
термины MeSH
вещества
Грантовая поддержка
- 14.
Y26.31.0004/Правительство Российской Федерации
Полногеномное предсказание сайтов начала транскрипции у хвойных
1. Татаринова Т., Крищенко А., Триска М., Хассан М., Мерфи Д., Нили М., Шумицкий А. NPEST: непараметрический метод и база данных для предсказания места начала транскрипции. Квант. биол. 2013; 1: 261–271. doi: 10.1007/s40484-013-0022-2. [Статья бесплатно PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
2. Reyes A., Huber W. Альтернативные сайты начала и окончания транскрипции определяют большинство различий изоформ транскриптов в тканях человека. Нуклеиновые Кислоты Res. 2018; 46: 582–592. дои: 10.1093/нар/gkx1165. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
3. Ювен-Гершон Т., Кадонага Дж.Т. Регуляция экспрессии генов с помощью основного промотора и основного механизма транскрипции. Дев. биол. 2010; 339: 225–229. doi: 10.1016/j.ydbio.2009.08.009. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
4. Александров Н.Н., Трухан М.Е., Бровер В.В., Татаринова Т., Флавелл Р.Б., Фельдманн К.А. Особенности генов и генома Arabidopsis , обнаруженные с использованием полноразмерных кДНК. Завод Мол. биол. 2006;60:69–85. doi: 10.1007/s11103-005-2564-9. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
5. Александров Н.Н., Бровер В.В., Фрейдин С., Трухан М.Е., Татаринова Т.В., Чжан Х., Суллер Т.Дж., Лу Ю.-П., Бук Дж., Флавелл Р.Б. , и другие. Информация о генах кукурузы, полученная в результате крупномасштабного секвенирования кДНК. Завод Мол. биол. 2009; 69: 179–194. doi: 10.1007/s11103-008-9415-4. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
6. Трухан М., Татаринова Т., Бук Дж., Флавелл Р.Б., Александров Н.Н. Полногеномное обнаружение цис-элементов в промоторных последовательностях с использованием экспрессии генов. ОМИКС. 2009 г.;13:139–151. doi: 10.1089/omi.2008.0034. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
7. Татаринова Т.В., Чекалин Е., Никольский Ю., Брускин С. , Чеботаров Д., МакНалли К.Л., Александров Н. Анализ нуклеотидного разнообразия выделяет функционально важные участки генома. науч. Отчет 2016;6:35730. doi: 10.1038/srep35730. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
8. Триска М., Ивлиев А., Никольский Ю., Татаринова Т.В. Анализ цис-регуляторных элементов в сетях коэкспрессии генов при раке. Методы Мол. биол. 2017;1613:291–310. doi: 10.1007/978-1-4939-7027-8_11. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
9. Рой А.Л., Сингер Д.С. Основные промоутеры транскрипции: старая проблема, новые идеи. Тенденции биохим. науч. 2015;40:165–171. doi: 10.1016/j.tibs.2015.01.007. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
10. Sandelin A., Carninci P., Lenhard B., Ponjavic J., Hayashizaki Y., Hume D.A. Промоторы ядра РНК-полимеразы II млекопитающих: выводы из полногеномных исследований. Нац. Преподобный Жене. 2007; 8: 424–436. doi: 10.1038/nrg2026. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]
11. Лагранж Т. , Капанидис А.Н., Танг Х., Рейнберг Д., Эбрайт Р.Х. Новый основной промоторный элемент в РНК-полимеразе II-зависимой транскрипции: специфичное к последовательности связывание ДНК с помощью фактора транскрипции IIB. Гены Дев. 1998; 12:34–44. doi: 10.1101/gad.12.1.34. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
12. Deng W., Roberts S.G.E. Основной промоторный элемент после блока TATA, который распознается TFIIB. Гены Дев. 2005;19:2418–2423. doi: 10.1101/gad.342405. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
13. Кадонага Дж.Т. DPE, основной промоторный элемент для транскрипции РНК-полимеразой II. Эксп. Мол. Мед. 2002; 34: 259–264. doi: 10.1038/emm.2002.36. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
14. Burke T.W., Kadonaga J.T. Drosophila TFIID связывается с консервативным нижестоящим базальным промоторным элементом, который присутствует во многих промоторах с дефицитом ТАТА-бокса. Гены Дев. 1996; 10: 711–724. doi: 10.1101/gad. 10.6.711. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
15. Ли Д.-Х., Гершензон Н., Гупта М., Иошихес И.П., Рейнберг Д., Льюис Б.А. Функциональная характеристика основных промоторных элементов: нижестоящий основной элемент распознается TAF1. Мол. Клеточная биол. 2005;25:9674–9686. doi: 10.1128/MCB.25.21.9674-9686.2005. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
16. Franco-Zorrilla J.M., Solano R. Идентификация целевых последовательностей факторов транскрипции растений. Биохим. Биофиз. Акта Джин Регул. мех. 2017; 1860: 21–30. doi: 10.1016/j.bbagrm.2016.05.001. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
17. Morton T., Petricka J., Corcoran D.L., Li S., Winter C.M., Carda A., Benfey P.N., Ohler U., Megraw M. Анализ парных концов сайтов начала транскрипции в Arabidopsis обнаруживает сигнатуры специфичных для растений промоторов. Растительная клетка. 2014;26:2746–2760. doi: 10.1105/tpc.114.125617. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
18. Bianchi VJ, Rubio M., Trainotti L., Verde I., Bonghi C., Martinez-Gómez P. Prunus факторов транскрипции: разведение перспективы. Фронт. Растениевод. 2015;6:443. doi: 10.3389/fpls.2015.00443. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
19. Наранг В., Сунг В.-К., Миттал А. Компьютерное моделирование позиционных плотностей олигонуклеотидов для предсказания промотора человека. Артиф. Интел. Мед. 2005; 35: 107–119.. doi: 10.1016/j.artmed.2005.02.005. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
20. Шахмурадов И.А., Умаров Р.К., Соловьев В.В. TSSPlant: новый инструмент для прогнозирования промоторов Pol II растений. Нуклеиновые Кислоты Res. 2017;45:e65. doi: 10.1093/nar/gkw1353. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
21. Пачганов С., Муртазалиева К., Зарубин А., Соколов Д., Шартье Д. Р., Татаринова Т. В. TransPrise: новый подход машинного обучения для эукариотического промотора прогноз. Пир Дж. 2019;7:e7990. doi: 10.7717/peerj.7990. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
22. Де Медейрос Оливейра М., Бонадио И., Ли де Мело А., Мендес Соуза Г., Дарем А.М. TSSFinder — быстрое и точное ab initio предсказание основного промотора в эукариотических геномах. Краткий. Биоинформ. 2021;22:bbab198. doi: 10.1093/bib/bbab198. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
23. Ибрахим О., Бота К.Э.Дж., Брэдли Г. In silico анализ цис-действующих регуляторных элементов в 5′-регуляторных регионах семейств генов переносчиков сахарозы в рисе ( Oryza sativa Japonica) и Arabidopsis thaliana . вычисл. биол. хим. 2010; 34: 268–283. doi: 10.1016/j.compbiolchem.2010.09.003. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
24. Дурайсами Г.С., Мишра А.К., Коцабек Т., Матушек Дж. Идентификация и характеристика промоторов и цис-регуляторных элементов генов, участвующих в продукции вторичных метаболитов хмеля ( Humulus lupulus Л.) Вычисл. биол. хим. 2016; 64: 346–352. doi: 10.1016/j.compbiolchem.2016.07.010. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]
25. Вонг Д.С.Дж., Лопес Гутьеррес Р., Гамбетта Г.А., Кастелларин С.Д. Полногеномный анализ структуры цис-регуляторных элементов и открытие управляемых мотивом сетей коэкспрессии генов в виноградной лозе. Рез. ДНК 2017; 24:311–326. doi: 10.1093/dnares/dsw061. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
26. Кумари С., Уэр Д. Полногеномное компьютерное прогнозирование и анализ основных промоторных элементов у однодольных и двудольных растений. ПЛОС ОДИН. 2013;8:e79011. doi: 10.1371/journal.pone.0079011. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
27. Gan Y., Guan J., Zhou S. Сравнительное исследование выбора признаков структурных свойств ДНК для предсказания промотора. БМК Биоинформ. 2012;13:4. дои: 10.1186/1471-2105-13-4. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
28. Kanhere A., Bansal M. Структурные свойства промоторов: сходства и различия между прокариотами и эукариотами. Нуклеиновые Кислоты Res. 2005; 33:3165–3175. doi: 10.1093/nar/gki627. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
29. Триска М., Соловьев В., Баранова А., Кель А., Татаринова Т.В. Нуклеотидные паттерны, помогающие предсказывать эукариотические промоторы. ПЛОС ОДИН. 2017;12:e0187243. doi: 10.1371/journal.pone.0187243. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
30. Йелла В.Р., Кумар А., Бансал М. Идентификация предполагаемых промоторов в 48 эукариотических геномах на основе свободной энергии ДНК. науч. Отчет 2018; 8:4520. doi: 10.1038/s41598-018-22129-8. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
31. Козобай-Авраам Л., Хосид С., Большой А. Распределение кривизны в геномах прокариот. Силико Биол. 2004; 4: 361–375. [PubMed] [Google Scholar]
32. Кумар А., Бансал М. Выявление структурных особенностей ДНК промоторов, связанных с различными типами TSS в прокариотических транскриптомах, и их роли в экспрессии генов. Рез. ДНК 2017;24:25–35. doi: 10.1093/dnares/dsw045. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
33. Пандей С.П., Кришнамачари А. Вычислительный анализ промоторов РНК растений Pol-II. Биосистемы. 2006; 83: 38–50. doi: 10.1016/j.biosystems.2005.09.001. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
34. Zuo Y.-C., Li Q.-Z. Идентификация промоторов ТАТА и без ТАТА в геномах растений путем интеграции меры разнообразия, перекоса GC и геометрической гибкости ДНК. Геномика. 2011;97:112–120. doi: 10.1016/j.ygeno.2010.11.002. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
35. Татаринова Т., Бровер В., Трухан М., Александров Н. Искажение в CG содержании рядом с сайтом начала транскрипции в Arabidopsis thaliana . Биоинформатика. 2003;19:i313–i314. дои: 10.1093/биоинформатика/btg1043. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
36. Fujimori S., Washio T., Tomita M. Смещение GC-композиции цепей вокруг сайтов начала транскрипции в растениях и грибах. БМС Геном. 2005; 6:26. дои: 10.1186/1471-2164-6-26. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
37. Aerts S., Thijs G., Dabrowski M., Moreau Y., De Moor B. Всесторонний анализ базовой композиции вокруг сайта начала транскрипции у метазоа. БМС Геном. 2004; 5:34. дои: 10.1186/1471-2164-5-34. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
38. Карелс Н., Бернарди Г. Два класса генов у растений. Генетика. 2000; 154:1819–1825. doi: 10.1093/genetics/154.4.1819. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
39. Татаринова Т.В., Александров Н.Н., Бук Ю.Б., Фельдманн К.А. Биология GC3 в кукурузе, рисе, сорго и других травах. БМС Геном. 2010;11:308. дои: 10.1186/1471-2164-11-308. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
40. Clément Y., Fustier M.-A., Nabholz B., Glémin S. Бимодальное распределение содержания гена GC является предком однодольных видов. Геном биол. Эвол. 2014;7:336–348. дои: 10.1093/gbe/evu278. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
41. Serres-Giardi L., Belkhir K., David J., Glémin S. Закономерности и эволюция нуклеотидных ландшафтов у семенных растений. Растительная клетка. 2012; 24:1379–1397. doi: 10.1105/tpc.111.093674. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
42. Чан К.-Л., Татаринова Т.В., Росли Р., Амируддин Н., Азизи Н., Халим М.А.А., Сануси Н.С.Н.М., Джаянти Н. , Пономаренко П., Триска М. и др. Генетические модели, основанные на фактических данных, для структурных и функциональных аннотаций генома масличной пальмы. биол. Прямой. 2017;12:21. doi: 10.1186/s13062-017-0191-4. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
43. Нистедт Б., Стрит Н.Р., Веттербом А., Зукколо А., Лин Ю.-К., Скофилд Д.Г., Вецци Ф., Деломм Н. ., Джакомелло С., Алексеенко А. и др. Последовательность генома ели европейской и эволюция генома хвойных. Природа. 2013; 497: 579–584. doi: 10.1038/nature12211. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
44. Уоррен Р.Л., Килинг С.И., Юэн М.М.С., Рэймонд А. , Тейлор Г.А., Вандервалк Б.П., Мохамади Х., Паулино Д., Чиу Р., Джекман С.Д. и др. . Ель белая улучшенная ( Picea glauca ) геномные сборки и аннотация больших семейств генов хвойного терпеноидного и фенольного защитного метаболизма. Плант Дж. 2015; 83: 189–212. doi: 10.1111/tpj.12886. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
45. Зимин А.В., Стивенс К.А., Крепо М.В., Пуйу Д., Вегжин Дж.Л., Йорк Дж.А., Лэнгли Ч.Х., Нил Д.Б., Зальцберг С.Л. Улучшенная сборка мегагенома сосны лоблоловой с использованием секвенирования одной молекулы с длительным считыванием. ГигаНаука. 2017;6:giw016. doi: 10.1093/gigascience/giw016. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
46. Кузьмин Д.А., Феранчук С.И., Шаров В.В., Цыбин А.Н., Маколов С.В., Путинцева Ю.А., Орешкова Н.В., Крутовский К.В. Поэтапный подход к сборке большого генома: случай лиственницы сибирской ( Larix sibirica Ledeb) BMC Bioinform. 2019;20:37. doi: 10.1186/s12859-018-2570-y. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
47. Holt C., Yandell M. MAKER2: Конвейер аннотаций и инструмент управления геномной базой данных для геномных проектов второго поколения. БМК Биоинформ. 2011;12:491. doi: 10.1186/1471-2105-12-491. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
48. Yamaguchi N. LEAFY, пионер транскрипционного фактора у растений: мини-обзор. Фронт. Растениевод. 2021;12:701406. doi: 10.3389/fpls.2021.701406. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
49. Papuga J., Hoffmann C., Dieterle M., Moes D., Moreau F., Tholl S., Steinmetz A., Thomas C. LIM-белки Arabidopsis: семейство актиновых упаковщиков с различными паттернами экспрессии и способами регуляции. Растительная клетка. 2010;22:3034–3052. doi: 10.1105/tpc.110.075960. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
50. Вонг Г.К.-С., Ван Дж., Тао Л., Тан Дж., Чжан Дж., Пасси Д.А., Ю Дж. Композиционный анализ градиенты в генах злаков. Геном Res. 2002; 12:851–856. doi: 10.1101/gr.189102. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
51. Билас Р., Шафран К., Гнатушко-Конка К., Кононович А.К. Цис-регуляторные элементы, используемые для контроля экспрессии генов в растениях. Тисс растительных клеток. Орган. Культ. 2016; 127: 269–287. doi: 10.1007/s11240-016-1057-7. [Перекрестная ссылка] [Академия Google]
52. Мессинг Дж., Герати Д., Хайдекер Г., Ху Н.-Т., Кридл Дж., Рубенштейн И. Структура генов растений. В: Косуге Т., Мередит С.П., Холландер А., Уилсон С.М., редакторы. Генная инженерия растений: сельскохозяйственная перспектива. Спрингер; Бостон, Массачусетс, США: 1983. стр. 211–227. [Google Scholar]
53. Порто М.С., Пинейро М.П.Н., Батиста В.Г.Л., душ Сантос Р.К., де Альбукерке Мело Филью П., де Лима Л.М. Промоутеры растений: подход к структуре и функции. Мол. Биотехнолог. 2014; 56:38–49. doi: 10.1007/s12033-013-9713-1. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
54. Дади С.Р., Кром Н., Рамакришна В. Полногеномный сравнительный анализ предполагаемых двунаправленных промоторов риса, Arabidopsis и Populus . Ген. 2009; 429: 65–73. doi: 10.1016/j.gene.2008.09.034. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
55. Кром Н., Рамакришна В. Сравнительный анализ дивергентных и конвергентных пар генов и паттернов их экспрессии у риса, Arabidopsis и Тополь . Завод Физиол. 2008; 147:1763–1773. doi: 10.1104/стр.108.122416. [Статья бесплатно PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
56. Yamamoto Y.Y., Yoshioka Y., Hyakumachi M., Obokata J. Характеристики основных типов промоторов в отношении структуры и экспрессии генов в Arabidopsis thaliana . Рез. ДНК 2011;18:333–342. doi: 10.1093/dnares/dsr020. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
57. Portales-Casamar E., Thongjuea S., Kwon A.T., Arenillas D., Zhao X., Valen E., Yusuf D., Lenhard B. ., Wasserman WW, Sandelin A. JASPAR 2010: Значительно расширенная открытая база данных профилей связывания факторов транскрипции. Нуклеиновые Кислоты Res. 2010;38:D105–D110. дои: 10.1093/нар/гкп950. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
58. Tian F., Yang D.-C., Meng Y.-Q., Jin J., Gao G. PlantRegMap: Составление функциональных регуляторных карт в растениях. Нуклеиновые Кислоты Res. 2020;48:D1104–D1113. doi: 10.1093/nar/gkz1020. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
59. Вингендер Э. Проект TRANSFAC как пример каркасной технологии, поддерживающей анализ геномной регуляции. Краткий. Биоинформ. 2008; 9: 326–332. дои: 10.1093/биб/bbn016. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
60. Вассерман В.В., Санделин А. Прикладная биоинформатика для идентификации регуляторных элементов. Нац. Преподобный Жене. 2004; 5: 276–287. doi: 10.1038/nrg1315. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
61. Liu C., Zhang T. Экспансия и реакция на стресс надсемейства AP2/EREBP у хлопка. БМС Геном. 2017;18:118. doi: 10.1186/s12864-017-3517-9. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
62. Dietz K.-J., Vogel M.O., Viehhauser A. Факторы транскрипции AP2/EREBP являются частью сетей регуляции генов и объединяют метаболические, гормональные и экологические факторы. сигналы при акклиматизации к стрессу и ретроградная передача сигналов. Протоплазма. 2010; 245:3–14. дои: 10.1007/s00709-010-0142-8. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
63. Свинген Т., Тониссен К.Ф. Факторы транскрипции Hox и их неуловимые мишени для генов млекопитающих. Наследственность. 2006; 97: 88–96. doi: 10.1038/sj.hdy.6800847. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
64. Нойес М.Б., Кристенсен Р.Г., Вакабаяши А., Стормо Г.Д., Бродский М.Х., Вулф С.А. Анализ специфичности гомеодомена позволяет прогнозировать предпочтительные сайты распознавания в масштабах всей семьи. Клетка. 2008; 133:1277–1289. doi: 10.1016/j.cell.2008.05.023. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
65. Го М., Лю Дж.-Х., Ма Х., Луо Д.-Х., Гонг З.-Х., Лу М.-Х. Факторы транскрипции теплового стресса растений (HSF): структура, регуляция и функция в ответ на абиотические стрессы. Фронт. Растениевод. 2016;7:114. doi: 10.3389/fpls.2016.00114. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
66. Миллер Г., Миттлер Р. Могут ли факторы транскрипции теплового шока функционировать в растениях как сенсоры перекиси водорода? Анна. Бот. 2006; 98: 279–288. doi: 10.1093/aob/mcl107. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
67. Проуз М.Б., Кэмпбелл М.М. Взаимодействие между фактором транскрипции R2R3-MYB, AtMYB61 и сайтами связывания ДНК-мишени. ПЛОС ОДИН. 2013;8:e65132. doi: 10.1371/journal.pone.0065132. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
68. Ван Б., Луо К., Ли Ю., Инь Л., Чжоу Н., Ли С., Ган Дж., Донг А. Структурное понимание распознавания ДНК-мишени факторами транскрипции R2R3-MYB. Нуклеиновые Кислоты Res. 2020; 48: 460–471. doi: 10.1093/nar/gkz1081. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
69. Ранганнан В., Бансал М. Высококачественная аннотация промоторных областей для 913 бактериальных геномов. Биоинформатика. 2010;26:3043–3050. doi: 10.1093/bioinformatics/btq577. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
70. Дюваль И., Лашанс Д., Жигер И., Бомаль К., Моренси М.-Дж., Пеллетье Г., Бойл Б., Маккей Дж. Дж., Сеген А. Крупномасштабный скрининг взаимодействий факторов транскрипции и промоторов у ели выявил транскрипционную сеть, участвующую в развитии сосудов. Дж. Эксп. Бот. 2014;65:2319–2333. doi: 10.1093/jxb/eru116. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
71. Sena J.S., Lachance D., Duval I., Nguyen T.T.A., Stewart D., Mackay J., Séguin A. Функциональный анализ белка PgCesA3 промотор гена целлюлозсинтазы ели во вторичной ксилеме. Фронт. Растениевод. 2019;10:626. doi: 10.3389/fpls.2019.00626. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
72. Бедон Ф., Левассер С., Грима-Петтенати Дж., Сеген А., Маккей Дж. Анализ последовательности и функциональная характеристика промотора Picea glauca Ген коричной алкогольдегидрогеназы в трансгенных растениях ели белой. Отчет о клетках растений 2009; 28: 787–800. doi: 10.1007/s00299-009-0688-0. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
73. Choi K., Zhao X., Kelly K.A., Venn O., Higgins J.D., Yelina N.E., Hardcastle T.J., Ziolkowski P.A., Copenhaver G.P., Franklin F.C.H., et al. Горячие точки мейотического кроссовера Arabidopsis перекрываются с нуклеосомами h3A.Z на промоторах генов. Нац. Жене. 2013;45:1327–1336. doi: 10.1038/ng.2766. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
74. Hellsten U., Wright K.M., Jenkins J., Shu S., Yuan Y., Wessler S.R., Schmutz J., Willis J.H., Rokhsar D.S. Мелкомасштабная вариация мейотической рекомбинации у Mimulus , полученная по популяционному дробовику последовательность действий. проц. Натл. акад. науч. США. 2013;110:19478–19482. doi: 10.1073/pnas.131
10. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
75. Fortes G.G., Bouza C., Martinez P., Sánchez L. Разнообразие в структуре изохор среди хладнокровных позвоночных на основе содержания GC в кодировании и не -кодирующие последовательности. Генетика. 2007;129: 281–289. doi: 10.1007/s10709-006-0009-2. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
76. Jørgensen F.G., Schierup M.H., Clark A.G. Неоднородность регионального содержания GC и дифференциальное использование кодонов и аминокислот в GC-бедных и GC-богатых областях генома Apis меллифера . Мол. биол. Эвол. 2007; 24:611–619. doi: 10.1093/molbev/msl190. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
77. Линч Д.Б., Лог М.Е., Батлер Г., Вулф К.Х. Эволюция хромосомного содержания G + C у дрожжей: систематические межвидовые различия и GC-бедные впадины на центромерах. Геном биол. Эвол. 2010;2:572–583. дои: 10.1093/gbe/evq042. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
78. Neale D.B., Wegrzyn J.L., Stevens K.A., Zimin A.V., Puiu D., Crepeau M.W., Cardeno C., Koriabine M., Holtz-Morris A.E. , Liechty J.D., et al. Расшифровка массивного генома сосны лоблолли с использованием гаплоидной ДНК и новых стратегий сборки. Геном биол. 2014;15:R59. doi: 10. 1186/gb-2014-15-3-r59. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
79. Wegrzyn J.L., Liechty J.D., Stevens K.A., Wu L.-S., Loopstra C.A., Vasquez-Gross H.A., Dougherty WM, Lin B.Y., Zieve Дж. Дж., Мартинес-Гарсия П. Дж. и др. Уникальные особенности сосны лоболли ( Pinus taeda L.) мегагеном, раскрытый посредством аннотации последовательности. Генетика. 2014; 196:891–909. doi: 10.1534/genetics.113.159996. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
80. Бироль И., Рэймонд А., Джекман С.Д., Плезанс С., Куп Р., Тейлор Г.А., Юэн М.М.С., Килинг С.И., Брэнд Д. , Вандервалк Б.П. и др. Сборка генома ели белой ( Picea glauca ) размером 20 ГБ из данных полногеномного секвенирования дробовика. Биоинформатика. 2013;29:1492–1497. дои: 10.1093/биоинформатика/btt178. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
81. Kim D., Paggi J.M., Park C., Bennett C., Salzberg S.L. Выравнивание генома на основе графа и генотипирование с помощью HISAT2 и HISAT-генотипа.